Naczelny Sąd Administracyjny wydał orzeczenie istotne z punktu widzenia podmiotów działających w specjalnych strefach ekonomicznych. Uznał w nim, że spółka korzystająca ze zwolnienia z CIT z tytułu działalności na terenie SSE na podstawie zezwolenia może wchodzić w skład podatkowej grupy kapitałowej.

Istotą sporu była interpretacja przepisu art. 1a ust. 2 pkt 3 ustawy o CIT, który stanowi, że podatkowa grupa kapitałowa może być podatnikiem CIT m.in. pod warunkiem, że po jej utworzeniu żadna ze spółek tworzących tę grupę nie korzysta ze zwolnień z CIT „na podstawie odrębnych ustaw”.

Sąd rozstrzygał, na podstawie jakich przepisów podmioty prowadzące działalność w SSE korzystają ze zwolnienia w SSE, tj. czy na podstawie przepisów ustawy o CIT, czy na podstawie ustaw odrębnych (w tym przypadku ustawy o SSE). Od odpowiedzi na to pytanie zależała następnie odpowiedź na pytanie czy podmiot korzystający z takiego zwolnienia może wchodzić w skład podatkowej grupy kapitałowej czy też nie.

NSA zgadzając się z wcześniejszym wyrokiem wydanym w tym zakresie przez wojewódzki sąd administracyjny, wyraźnie potwierdził prawo spółek tworzących podatkową grupę kapitałową do jednoczesnego korzystania ze zwolnienia z PDOP w odniesieniu do dochodów z działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwolenia.(Ustne uzasadnienie wyroku NSA z 2 sierpnia 2012 r.)