Zgodnie z przyjętym przez Radę Ministrów projektem ustawy o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych przedsiębiorca będzie miał możliwość cofnięcia zezwolenia na prowadzenie działalności w SSE. Zmienią się również warunki wygaszenia zezwolenia.

Możliwość cofnięcia zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie na wniosek przedsiębiorcy (obecnie przedsiębiorca może złożyć wniosek o wygaszenie zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie) to jedna ze zmian w ustawie o SSE. Wprowadzenie nowego rozwiązania jest konieczne w związku z ograniczeniem przesłanek wygaszenia zezwolenia.

Może się zdarzyć, że dla przedsiębiorcy, który rozpoczął korzystanie ze zwolnień podatkowych, ale przewiduje, że nie będzie w stanie spełnić zobowiązań, korzystniejszym rozwiązaniem będzie rezygnacja z zezwolenia jeszcze przed upływem terminu spełnienia jego warunków, ponieważ ograniczy to wysokość odsetek od zwracanej pomocy.

Zmieniają się również przesłanki wygaszenia zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie. Przed kryzysem gospodarczym o wygaszenie występowali przedsiębiorcy, którzy nie rozpoczęli inwestycji albo nie korzystali z pomocy.

W warunkach spowolnienia gospodarczego, kiedy wiele firm musiało ograniczyć produkcję, a tym samym zatrudnienie, nieprecyzyjność przepisów spowodowała, że przedsiębiorcy zagrożeni cofnięciem zezwolenia, występowali o jego wygaszenie, uznając, że uchroni ich to przed zwrotem pobranej pomocy publicznej.

W celu wyeliminowania tego typu działań możliwość wygaszenia zezwolenia zostanie ustawowo ograniczona do jednej sytuacji. Przedsiębiorca będzie mógł wnioskować o wygaszenie zezwolenia, gdy przed dniem złożenia wniosku nie korzystał ze zwolnienia dochodu od podatku dochodowego na podstawie zezwolenia.

Dodatkowo cofnięcie zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie ma skutkować dla przedsiębiorcy zwrotem otrzymanej pomocy publicznej (zwolnień podatkowych); przedsiębiorca do czasu zwrotu pomocy nie będzie mógł uzyskać nowego zezwolenia, zaś roszczenia związane ze zwrotem pomocy publicznej (zwolnień podatkowych) będą się przedawniały po 10 latach (licząc od końca roku kalendarzowego, w którym przedsiębiorca skorzystał  ze zwolnień podatkowych).